O początkach karczmy wawerskiej niewiele pewnego da się powiedzieć. Zapewne była budowlą drewnianą, tak jak i inne podobne obiekty w dobrach zastowskich. Stała samotnie, nie mając bezpośredniej styczności ani z dworem w Zastowie (odległym o ponad kilometr), ani z plebanią (przy najbliższym kościele w Zerzniu). Nastawiona była wyłącznie na obsługę podróżnych i woźniców.

Położenie przy uczęszczanych traktach i brak konkurencji w pobliżu gwarantowały z jednej strony dobry obrót, z drugiej jednak – groziły nieprzyjemnymi konsekwencjami w razie awantur i pożarów, nie wspominając niepokojów społecznych czy wojen. Karczma wawerska zapewne z tych powodów to pojawiała się na XVIII- i XIX-wiecznych mapach, to z nich znikała.

Na tzw. mapie Pertheesa z 1783 r. występuje obok innych, okolicznych przybytków tego typu, na mapie Gilly’ego zaś z 1803 r. nie ma po niej śladu. Mogła zostać spalona w czasie walk powstania kościuszkowskiego, mogła upaść po trzecim rozbiorze Polski i zamknięciu granicy między Prusami a Austrią, która przecinała wpół tereny dzisiejszej dzielnicy Wawer (wzdłuż rzeczki Świder ku Zbójnej Górze) i skutecznie zablokowała kontakty między ludnością tych okolic. Sytuacja poprawiła się najpierw po 1809 r., gdy zlikwidowana została granica z Austrią po przyłączeniu tych ziem do Księstwa Warszawskiego, później zaś po 1815 r. i utworzeniu Królestwa Kongresowego, wreszcie po ukończeniu w latach 1820-1823 modernizacji traktu brzeskiego. W tamtym czasie na terenie karczmy istniał tylko barak „z bali czterocalowych, na piwnicy, na czterech słupach, gontami pokryty, bez komina, pieca i pułapu”. Do baraku prowadziły „schody o 8 trepach, jest nowa podłoga i są dwa okna: jedno o 8 szybach, drugie bez okowu i bardzo małe”.

Spalona w bitwach czasu powstania listopadowego karczma, zwana także austerią (dawna nazwa gospody wywodząca się prawdopodobnie z włoskiego „osteria”, t.j. jadłodajnia) została odbudowana staraniem Zarządu Dóbr Wilanowskich w 1834 r. Jej dzierżawcą w latach 1834-1848 był Franciszek Kurkowski, który powiększył budynek o dodatkowe pokoje gościnne; w latach 1848-1867 dzierżawcą był Teofil Pancer, który wybudował duży dom mieszkalny, postawił kuźnię, założył destylarnię wódek i położył nowy bruk przed budynkiem. Wokół powstało małe osiedle, którego mieszkańcy żyli z obsługi podróżnych i pracy w austerii.

Powstanie styczniowe 1863 r. i jego upadek oraz związane z nim uwłaszczenie chłopów spowodowały poważny wstrząs społeczny w Wawrze. Konsekwencją działań administracji carskiej było powołanie do życia w 1866 r. gminy Wawer (jako jednej z 20 w powiecie warszawskim), obejmującej następujące osady i wsie – Wawer, Wygoda, Kawęczyn, Gocławek, Grochów, Kamionek, Saska Kępa, Gocław, Zastów, Kaczydół (dzisiejsze Międzylesie), Stara Miłosna i Żurawka. Razem z gminą powołano Sąd Gminny. Na czele gminy stał Zarząd – obie instytucje ulokowano w nieistniejącym dziś budynku wchodzącym w skład zabudowań karczmy.

Na funkcjonowanie osady w wielkim stopniu wpłynęło wybudowanie i otwarcie w 1877 r. linii Kolei Nadwiślańskiej oraz stacji kolejowej Wawer. Była ona pierwszą południową stacją na tej linii od stacji Praga i obsługiwała rozległy teren, m.in. wyrastające jak grzyby po deszczu na terenie wawerskiej gminy przedsiębiorstwa przemysłowe. Liczba ludności zaczęła wzrastać w szybkim tempie, przyhamowanym jednak po wybudowaniu w latach 80-tych XIX w. rosyjskiego Fortu Wawer (zwanego też Fortem Suworowa), którego obszar wyznaczają dziś w przybliżeniu granice Parku im. Matki Mojej na osiedlu Marysin Wawerski.

W 1894 r. Zarząd Dóbr Wilanowskich rozparcelował pod zabudowę teren od stacji kolejowej i torów do równolegle doń biegnącego traktu włodawskiego (ciąg ulic Wydawniczej i Widocznej, przechodzących w ulicę Patriotów), tworząc 19 parcel. Osiedle to nazwano Nowym Wawrem.

Po 1867 r. dzierżawcą austerii wawerskiej była rodzina Morantowiczów. Po I wojnie światowej Konstanty Morantowicz zdołał wykupić budynek karczmy. Izby gościnne przekształcił w mieszkania czynszowe, restaurację zaś wydzierżawił Szymonowi Walczakowi. Lokal zachwalał w tamtym czasie szyld o treści „Karczma pod Napoleonem. Koniom woda – ludziom piwo i zgoda”. W okresie międzywojnia planowano przekształcić budynek karczmy w siedzibę Zarządu gminy Wawer i urządzić tu salę widowiskową oraz muzeum (powstało ono dopiero w konspiracji, w warunkach okupacyjnych w listopadzie 1943 r., prezentując pamiątki z powstania listopadowego).

We wrześniu 1944 r. historyczny budynek karczmy został zdewastowany i ograbiony; potem przez dziesiątki lat przeznaczony na mieszkania kwaterunkowe niszczał coraz bardziej, wreszcie w 1981 r. Skarb Państwa wydzierżawił go rodzinie Walczyków. Dawny budynek karczmy wraz z otaczającym terenem wpisany jest do rejestru zabytków Warszawy pod numerem 645.

O ile tradycja wiążąca historię karczmy z wizytą Cesarza Francuzów Napoleona Bonaparte nie znajduje żadnego potwierdzenia w źródłach, o tyle pewnym jest, że austeria była świadkiem dwóch wielkich bitew powstania listopadowego, zwanych bitwami pod Wawrem.

Pierwsza z nich miała miejsce 19 lutego 1831 r. i odznacza się pewną osobliwością. Po pierwsze nie była planowana przez żadną z walczących stron, po drugie – gdy doszło już do walki – żadna strona nie stawiała sobie żadnych strategicznych celów. Ze strony polskiej dodatkowo bitwa nie była kierowana przez jednolite dowództwo – nominalny wódz generał Michał Radziwiłł przebywający w Warszawie przez cały dzień nie dawał znaku życia, a faktyczny wódz – generał Józef Chłopicki – mimo że był na placu boju, bitwą nie kierował, pozostając w charakterze widza bądź ochotnika, prowadzącego od czasu do czasu poszczególne bataliony. Realnymi dowódcami polskich sił byli generałowie Piotr Szembek i Franciszek Żymirski.

Zmierzające ku Warszawie oddziały rosyjskie korzystały z dwóch dróg – utwardzonej szosy brzeskiej oraz piaszczystego szlaku okuniewskiego. Rosyjska straż przednia pod wodzą kniazia Łopuchina lekkomyślnie oddaliła się od rozciągniętego na długości kilkunastu kilometrów głównego zgrupowania i po wyjściu z lasów wawerskich została przywitana zmasowanym ogniem polskiej artylerii, stacjonującej na obszarze między karczmą wawerską a nieistniejącą karczmą na Wygodzie (dzisiejszy fragment dzielnicy Rembertów). Wkrótce doszło do krwawych walk na bagnety w bezpośredniej bliskości karczmy wawerskiej i cegielni w pobliżu dzisiejszej ulicy Korkowej. Całodzienna, nierozstrzygnięta bitwa kosztowała wojska rosyjskie kierowane przez generałów Grigorija Rozena i Piotra Pahlena pod generalnym dowództwem feldmarszałka Iwana Dybicza około 3700 zabitych i rannych, przy stratach polskich wynoszących około 2500 ludzi.

Kilkudniowa przerwa w działaniach wojennych skończyła się wraz z zaciekłą i krwawą bitwą o nieodległą od Wawra Olszynkę Grochowską, która rozpoczęła się rankiem 25 lutego, a w której do wieczora straciło życie lub zostało rannych ponad 10 tysięcy Rosjan i około 7 tysięcy Polaków. Bitwa ta powstrzymała pochód wojsk Dybicza na Warszawę.

Przez następne półtora miesiąca generał Ignacy Prądzyński badał zdolność bojową stacjonujących w Wawrze wojsk rosyjskich pod wodzą generała Teodora Geismara. 31 marca po północy wojska polskie przeszły na prawy brzeg Wisły i po częściowym okrążeniu wojsk rosyjskich zmusiły do kapitulacji i poddania około 1,5 tysiąca żołnierzy, zdobywając dwa działa i dwa sztandary. W tym samym dniu doszło w godzinach popołudniowych do bitwy pod Dębem Wielkim. Było to starcie korpusu rosyjskiego generała Rozena z armią polską ścigającą Geismara, które zakończyło się wielkim zwycięstwem polskim. Korpus Rozena został rozbity, w ręce polskie wpadło 11 tysięcy jeńców, kilka sztandarów, kilkanaście dział, tysiące karabinów i całe kolumny furgonów z zapasami żywności i amunicją.

Druga bitwa pod Wawrem była inspiracją dla Wincentego Pola, który pod jej wrażeniem napisał „Pieśń Ułanów po zwycięstwie pod Wawrem”(poniżej fragment):

Nie masz pana Nad Ułana,

A nad lancę nie masz broni!

Gdzie uderzy, Moskal leży,

Albo wilkiem w stepy goni.

Od tej dłoni Od tej broni,

Moskal wilkiem w stepy goni.

Gdzie my bijem, Gdzie my pijem, Tam mogiły i posucha;

Byle przodem Chrobrym chodem, Koń i ramię to posłucha;

Koń i ramię — Oj, nie kłamię - Nawet pułki dyabłów złamie!

Drewniany krzyż stojący po prawej stronie Zajazdu Napoleońskiego został wystawiony w 1918 r. i upamiętnia bitwy wawerskie z 1831 r. Położony obok pamiątkowy głaz nosi napis: POLEGŁYM ZA OJCZYZNĘ W DNIACH 19 LUTEGO I 31 MARCA 1831 R.